Doktorand inom multimodal modellering av spatiell biologiska data

Anställningen ingår i SciLifeLab och Wallenberg National Program for Data-Driven Life Science (DDLS) och är en del av dess nationella forskarskola Data-Driven Life Science (DDLS) - SciLifeLab med 20 akademiska och 7 industriella doktorander.

Projektbeskrivning

Forskarutbildningsämne: Bioteknologi

Ämnet berör spatiell biologi, som omfattar ett brett spektrum av teknologier som kvantifierar olika typer av biomolekyler in situ. Tillgänglig teknologi ger information om distinkta aspekter av vävnadsanatomi, såsom dess morfologi, genom, transkriptom, proteom och metabolom. Att heltäckande karakterisera en vävnad kräver att man kombinerar flera tekniker, vilket kan vara kostsamt eller utmanande experimentellt. Studenten kommer att utveckla metoder för multimodal modellering av spatiell biologi data som integrerar olika datatyper och kan användas för cross-modal dataöverföring.

Multimodala generativa modeller kommer sannolikt att bli ett allt viktigare biologiskt forskningsverktyg. På grund av den komplexa naturen hos många biologiska system är det osannolikt att någon enskild modalitet beskriver deras egenskaper fullt ut. Därför är det avgörande att utnyttja en kunskapsbas som spänner över flera modaliteter och anatomiska förhållanden för att tolka data och påskynda upptäckten. För detta ändamål kommer doktoranden att använda våra unika rumsliga multimodala data av vävnadsmorfologi, genuttryck, genomintegritet och metaboliter. Det primära målet för doktoranden är att utforska spatiella data och utveckla datadrivna metoder för att förbättra vår förståelse av biologiska system i hälsa och sjukdom. I tjänsten ingår även undervisning och andra arbetsuppgifter på institutionen.

Handledning: Prof Joakim Lundeberg, föreslås som huvudhandledare, Prof Jens Lagergren, föreslås som bi-handledare. Beslut tas vid antagning

Vi erbjuder

• Möjligheten att doktorera i en dynamisk, internationell forskarmiljö i samarbete med industrin och framstående universitet världen över.
• En arbetsplats med många anställningsförmåner och månadslön enligt KTH: s avtal för doktorandlöner.
• Forskarutbildning vid ett lärosäte som är aktivt och stöttande i frågor som rör t.ex. arbetsvillkor, jämställdhet och mångfald samt studiemiljö.
• Arbete och studier i Stockholm med närhet till natur och hav.

Behörighet för antagning

För att bli antagen till forskarutbildning (kap 7 39 § högskoleförordningen) krävs att den sökande har grundläggande behörighet:

• avlagt en examen på avancerad nivå, eller
• fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
• på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Det är viktigt att du har gedigna programmeringsfärdigheter för hantering av biologisk dataanalys  stor skala. Det är därför viktigt att du:

• har erfarenhet av maskininlärning i PyTorch eller JAX
• erfarenhet av användning av objektorienterad programmering inom biologisk dataanalys
• erfarenhet av användning av versionshanteringssystem som Git, repositories som GitHub/GitLab
• förståelse för molekylärbiologi, särskilt i sammanhang med mänskliga sjukdomar
• har dokumenterad erfarenhet av analys av data från sekvenseringsmetoder
• är bekant med foundational modeller erfarenhet av att utforma, genomföra och analysera experimentell forskning
• har förmåga att formulera forskningsfrågor och hypoteser 

Utöver ovanstående  finns också ett obligatoriskt krav på engelska motsvarande Engelska B/6.

Urval

För att lyckas med dina doktorandstudier på KTH behöver du vara målinriktad och ihärdig i ditt arbete. Vid urval av de sökande bedöms förmågan att:

• självständigt driva sitt arbete framåt,
• kunna samarbeta med andra,
• ha ett professionellt förhållningssätt och
• analysera och arbeta med komplexa frågor
• arbeta inom tvärvetenskapliga team och med externa samarbetspartners
• hålla sig uppdaterad om de senaste framstegen inom data-driven metodik. 

Efter behörighetskraven kommer stor vikt läggas vid personliga egenskaper.

Målexamen: Doktorsexamen 

Information om antagning och anställning 

Endast den som antagits till forskarutbildning får anställas som doktorand. Den sammanlagda anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. En anställd doktorand kan i begränsad omfattning (högst 20 %) utföra vissa arbetsuppgifter inom t.ex. utbildning och administration. En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen får därefter förnyas med högst två år i taget. Vid studier som ska avslutas med licentiatexamen får den sammanlagda anställningstiden inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under två år.

Fackliga representanter

Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på KTH:s webbsida.

Doktorandsektionen (Tekniska högskolans studentkår)

Du hittar kontaktuppgifter till doktorandsektionen på sektionens webbsida.

Ansökan 

Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time). 

Ansökan ska ha följande innehåll

• CV med relevanta professionella erfarenheter och kunskaper.
• Ansökningsbrev med en kortfattad redogörelse om varför du vill bedriva forskarstudier, om dina akademiska intressen och hur de relaterar till dina tidigare studier och framtida mål. (Max 2 sidor)
• Kopior av examensbevis och betyg från tidigare universitetsstudier och intyg på uppfyllda språkkrav (se ovan). Översättningar till engelska eller svenska om originaldokumentet inte är utfärdade på ett av dessa språk. Kopior av original ska vidimeras 
• Representativa publikationer eller tekniska rapporter. För längre dokument, bifoga gärna en sammanfattning (abstract) och en webblänk till den fullständiga texten

Övrigt

Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering.

Anställningen kan komma att omfatta säkerhetskänslig verksamhet. För att bli behörig behöver du därför klara en eventuell säkerhetsprövning.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.

Om KTH

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi. Läs mer här

1. Joakim Lundeberg, joakim.lundeberg@scilifelab.se